高校党的基层组织处于高校工作的第一线，是学校全部工作和战斗力的基础。我国高等教育事业健康发展，离不开高校基层党组织建设这一根本保证。
当前，以科技、经济为基础的综合国力竞争加剧，人才培养资源竞争日趋激烈，人才培养质量要求日益提高，不同思想文化的交流碰撞更加频繁，意识形态领域斗争形式不断变化。国家经济、政治、社会、文化建设全面推进，教育的战略地位和作用日益凸显，人民对教育的期待和要求不断提高。思想文化多样化、教育模式多元化、信息传播方式网络化等问题需要高校基层党组织以高度的历史责任感和使命感，不断研究新情况、解决新问题、总结新经验、形成新理论。
党的十六大以来，高校基层党组织全面贯彻党的教育方针，以党的执政能力建设和先进性建设为主线，以加强党的基层组织和党员队伍建设为基础，以新的时代要求和实践探索不断丰富并完善了具有时代高度、中国特色的高校基层党建理论，为实现高等教育事业的历史跨越和科学发展提供了坚强有力的思想保证。
在思想理论建设方面，高校基层党组织坚持社会主义办学方向，服务人的全面发展，不断推进教育公平，将科学发展观内化为高校办学观，在高等教育历史经验的特殊性中把握理论的普遍性和方法的规律性，坚持以人为本，充分发挥高校的科研和人才优势，积极参与马克思主义理论研究与建设工程，夯实理论基础，开拓世界眼光，把握思想动态，培养战略思维，构建学习型党组织，筑牢思想政治工作体系，巩固马克思主义在高校意识形态的指导地位。
在领导班子和干部队伍建设方面，高校基层党组织以社会主义政治家和教育家为建设要求，以改革创新精神不断加强和完善党委领导下校长负责制的制度架构和实现方式，不断加强和健全党委领导、校长负责与教授治学、民主管理相结合的工作制度，不断探索适合校情的干部竞争上岗机制，提高选人用人公信度，切实提升干部工作的科学化水平。
在组织建设和党员队伍建设方面，高校基层党组织科学把握高校知识分子的特点，大力推进党内民主建设，积极探索发挥党代表作用及党代会代表提案试点工作等机制，根据院系专业和学科特点合理调整和科学设置党的基层组织，落实党员质量保障措施，切实做好在教学科研骨干、优秀留学归国人员和优秀青年学生中的党员发展工作，使师生党员比例稳定增长，不断增强基层党组织的凝聚力和战斗力。
在党风建设和反腐倡廉建设方面，高校基层党组织坚持依法治校，加强廉政风险规范管理，逐步形成并不断完善内容科学、程序严密、配套完备的反腐倡廉制度体系，以信息公开推进民主监督，将党的作风建设与师风师德建设有机结合，以共同理想整合共同利益，把服务师生作为高校党组织的基本任务和开展工作的切入点，实现了从单纯强调对党员的教育管理，向教育管理与保障服务并重的转变；从单纯强调党员的责任和义务，向统筹兼顾党员的正当权益、建立利益表达和利益协调机制的转变，为营造风清气正的校园育人环境，推动高等教育事业良性健康发展保驾护航。
